一个月後。
世界各国联合举办最瞩目的第一代英雄道别典礼。
但在举行的前三个小时，负责监控典礼主角的FBI特务小队，突然陷入了绝望——阿尔鲁居住的999号特别房间，打开门後竟空无一人。
「天杀的，他消失了。」小队长压着通讯机说。
谁也不晓得，接下来会发生什麽事。
南极，一座不被世人所知的实验基地。
十几年前，千叶博士在这里陷入疯狂状态，不到一天就结束可悲的一生。
这里面有他一手训练出来的实验团队，两百多人全是来自各国的科学菁英。每个人仍在继续着「基因改造人计划」，引进一批又一批各种肤sE孩童，无止尽地屠杀。
毕竟他们深信着阿卡曼给予的信仰——培育出地球人英雄。
警铃大作，负责指挥的首席科学家、千叶博士最信任的学生田中玄一，立即发现基地大门遭到破坏，他按下红sE按钮，透过广播要求保全立即处理，却没有任何人回应。
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